교회는 그리스도의 몸이요, 신자들은 각각 지체이다. 그러므로 교회는 시간과 장소를 초월하여 예수 그리스도와 생명적 관계를 맺고 있는 살아 있는 조직이다. 제직들은 교회의 직원으로 그리스도의 뜻을 받들어 주님께서 맡겨주신 직분을 실천해야 한다. 제직들은 교회의 사명과 목적을 분명히 인식하고 하나님 나라의 성장을 위해 일해야 한다.
교회 조직의 원리 공동 목적을 달성하기 위하여 교회 조직에 네 가지 원리가 있다. 첫째, 최소한의 노력과 비용으로 목적을 달성할 수 있어야 한다. 둘째, 주어진 목적을 가장 짧은 시간에 완수할 수 있어야 한다. 셋째, 조직에는 지휘, 통제, 감독의 계통이 수립되어야 한다. 교회를 섬기는 제직들은 교회의 머리이신 그리스도의 지휘와 교회의 치리기관인 당회와 목사의 감독을 받아야 한다(행20:28). 넷째, 조직에는 인간관계가 바로 되어야 한다. 교회는 인간들의 조직체이므로 인간의 융화가 잘 되어야 한다. 서로 돕고 아끼고 이해하는 관계가 되어야 교회는 성장할 수 있다. “한 지체가 고통을 당하면 모든 지체가 같이 고통을 당하고 한 지체가 영광을 받으면 모든 지체가 같이 즐거워한다.”(고12:26)
교회의 회의 교회에는 공동의회와 제직회와 회의가 있어서 교회의 일을 의결한다. 공동의회는 교회 최고의 의결기관이다. 제직회는 공동의회에서 결의한 예산의 집행과 수입, 지출, 예산, 구제비의 수입과 지출 및 특별헌금의 취급과 그 밖의 교회 일을 의논한다. 공동의회 회원은 무흠 세례교인이며, 제직회 회원은 목사, 장로, 안수집사, 권사, 서리집사, 전도사이다(현재 우리 삼성교회의 제직 수는 81명).
교회의 치리회 교회를 다스리는 당회, 노회, 총회를 치리회라고 한다. 교회의 입법, 사법, 행정의 세 기능을 치리회가 맡고 있다. 장로회 정치에 기본 치리회는 당회이다. 그러나 교회를 설립하거나 당회를 조직하는 권한은 노회에 있으므로 장로회 정치의 중심은 노회이다. 이러한 의미에서 개 교회를 지교회라고 부른다. 총회는 교회의 최고 치리회이다.